Нестеровская основана в 1847 году (называется и другая дата — 1861 год). Своё название станица получила в честь генерала П. П. Нестерова. По состоянию на 1874 год в станице было 200 дворов при 1094 жителях, имелись православная церковь и школа.

По некоторым данным, в сентябре 1920 года планировалось выселение казаков из станицы Нестеровской — из-за симпатий станичников к Белому движению, по приказу Серго Орджоникидзе. В какой мере был выполнен этот приказ, и был ли он выполнен вообще — неизвестно. В то же время, он вполне укладывался в практику выселения, применяемую большевиками по отношению к казакам в годы Гражданской войны в бассейне Сунжи.