В 1820-х годах российское правительство для защиты Военно-Грузинской дороги, принимает радикальные меры по строительству оборонительной линии от Екатериноградской до Владикавказа, с укреплениями по левому берегу реки Терек, взамен имеющейся линии от Моздока до Владикавказа. Так были основаны ряд станиц — Пришибская, Котляревская, Александровская, Урухская, Николаевская, Ардонская и Архонская.

В 1838 году на этой линии, чуть выше впадения реки Урух в Терек, была основана станица Урухская. Станица первоначально была заселена казаками 2-го Малороссийского полка, но местность была труднопроходимой и сплошь покрытой густым лесом, что вызывало жалобу казаков, которые начали болеть малярией. К тому же, станицы постоянно осаждали кабардинцы, которые не были довольны строительством военных укреплений на своей земле.

В 1848 году имам Шамиль двинулся в Кабарду и с помощью мятежных кабардинцев, несколько раз форсировали Терек и нападали на станицы и военные укрепления. После того, как было выяснено, что местом переправы через Терек для горцев является местность у Татартупского минарета (район Эльхотовских ворот, где река Терек прорезая Кабардино-Сунженский хребет замедляет бег и разливается на множество мелких ериков), военное российское управление на Кавказе приняло решение переселить жителей станицы Урухской на стратегически важное место у входа в Эльхотовские ворота. Кабардинский князь Анзоров Магомед-Мирза, которому принадлежали земли в Татартупской долине, за частые осаждения русских военных укреплений и помощь в военных операциях имама Шамиля, в результате нескольких походов был изгнан в Чечню, а его земли были переданы в пользование российского наместничества на Кавказе.

При переселении жителей станицы Урухской на новое место, основанный ими новая станица была названа — Змейской, так как в этом месте речка впадающая в Терек, резко огибает местность напоминая изгиб змеи.

К 1912 году в станице Змейской проживало около 3400 жителей и состояла из 522 казачьих дворов и 78 иногородних.

До Октябрьской революции, вместе с казаками станиц Пришибской, Котляревской, Александровской и Николаевской уроженцы Змейской составляли 1-ю сотню Сунженско-Владикавказских полков.

После установления советской власти в станице, многие казаки за поддержку белогвардейцев были расстреляны или репрессированы. Население станицы резко сократилось. После того как в 1922 году станицу включили в состав Осетинского национального округа, в станицу начали переселяться осетины из высокогорных ущелий, чаще с Ксанского ущелья Южной Осетии, что способствовало новому росту станицы.

Во время Великой Отечественной войны, в декабре 1942 года у станицы произошло одно из важных и ожесточённых сражений в ходе битвы за Кавказ, при котором немецкие войска были остановлены у входа в Эльхотовские ворота и отброшены назад, что вместе с битвой за Курпские высоты, ознаменовало собой начало освобождение Кавказа от фашистов.

Ныне в окрестностях села проводятся археологические раскопки, где исследуется найденные при расширении кавказской федеральной автотрассы могильники и древние зернохранилища. Кроме этого в окрестностях станицы находятся много различных курганов относящихся к разным культурам, в частности к скифо-аланской и кабардинской, которая позднее сменила их. Долгое время гордостью станицы являлся Татартупский минарет, которую чтили как кабардинцы, так и осетины. Но в 1970-х минарет был разрушен, в ходе различных работ.