Основана в 1786 году как село в 6 верстах от крепости Святого Георгия.

В 1786 году волжские казаки из Георгиевской крепости получили приказ — укрепить оборону вверх по Подкумку. Были построены несколько хат из дерева, хвороста и глины. Станицу назвали Незлобной якобы из-за доброты жителей, не проявлявших злобы к своим противникам — горцам. Земля здесь отличалась высоким плодородием, обилием дичи и речной рыбы. Основные занятия жителей — земледелие и скотоводство, также разводили кур, гусей.

Внешне Незлобная ничем не отличалась от других казачьих станиц: ров, ограда, саманные хаты с земляным полом. Мебель и одежда делались своими руками. Женская одежда почти не менялась: рубахи, кофты, сарафаны. Мужская приобрела горские элементы: бешмет, черкеска, бурка, башлык.

В 1828 году село сожжено черкесами, в 1831 поселение восстановлено как станица. После открытия станции на Владикавказской железной дороге в 1875 году, стала бурно развиваться.

К концу XIX века в Незлобной действовали 2 завода: кирпичный, выпускавший до 200 тыс. кирпича в год, и черепичный. С начала XX века Незлобная становится промышленным поселком. Здесь появились предприятия по переработке пшеницы; мельница, основанная в 1908 г. Кащенко, стала одной из крупнейших на Северном Кавказе. Переработанное зерно отправлялось в Новороссийск, Петербург и Прибалтику. Предприниматель Кащенко построил школу, где работали 5 учителей и дьякон. Учились в большинстве своем мальчики.

Станица входила в Пятигорский отдел Терской области.

В начале XX века крупный центр перевалки грузов (2-е место по отправлению грузов на Северном Кавказе) и торговли (5,8 тыс. человек (1914)).

Летом 1905 года рабочие мельницы и железнодорожники Незлобной поддержали двадцатидневную забастовку минераловодских железнодорожников. Позднее станичники участвовали в попытке захвата арсенала в городе. В Незлобной, как и в Георгиевске, было объявлено военное положение.

В начале 1918 года в округе была провозглашена Советская власть. В годы гражданской войны десятки незлобненцев воевали как в частях 11-й Красной Армии, так и на стороне восставших против Советской власти..

В 1920 году станичники создали Незлобненскую коммуну, которая разместилась в Горькой балке на землях, конфискованных у помещика Карпушина. Первым председателем был избран Ф. Гавшин. В 1922 году появился первый ТОЗ «Свободный труд». На базе этих хозяйств в 1928 году образовался колхоз «Красный колос». Выращивали пшеницу, ячмень, овес, кукурузу и подсолнечник. В пойме Подкумка занимались овощеводством. В 1932 году колхоз переименовали в «Великий перелом». Немного раньше (1930 г.) был создан свиноводческий совхоз «Комсомолец».