Станица Предгорного района, основанная в 1825 году на берегу реки Бугунта. Происхождение названия населенного пункта имеет несколько версий. По одной из них скифское слово «бор» можно перевести как желтый, серый, а «стан» — стоянка, место поселения. Возможно, это связано с цветом горной породы, состоящей из известняка, песчаника и сланцев. Станица была основана для защиты кордонной линии от набегов горцев во время Кавказской войны. Наряду с казаками здесь селились отставные солдаты и крепостные крестьяне. В 1847 году станицу перенесли на левый берег реки Большая Бугунта.

В гражданскую войну боргустанцы поддержали Шкуро, в 1920 участвовали в казачьем восстании на Кубани.

В окрестностях станицы в Боргустанском лесничестве есть участок тисового леса, интересен и ландшафтный комплекс «Пещерная стена», представленный уступами известняка.