Хотя официальной датой основания современного города Кизляр считается 1735 год, когда было начато строительство Кизлярской крепости, постоянное поселение здесь существовало за 150—200 лет до этого.

Началу Кизляра положило основание здесь в XVI веке поселения, которое образовали выходцы из Средней Азии, купцы по роду деятельности, по происхождению таджики.

Своё поселение они именовали Абсияхкент, (что в переводе с фарси означает аб — вода, сиях — чёрный, кент — поселение, город), тогда как кумыки, жившие по соседству, именовали его Карасув-кент (с тюркского кара — чёрный, су — вода, кент — поселение) или Кызлар-кала. Среди множества наименований название «Кизляр» было окончательно закреплено за поселением указом Петра I после его посещения в 1722 году во время Персидского похода.

Кроме поселения выходцев из Средней Азии в этом месте во второй половине XVI века был основан, согласно царскому указу, «Кизлярский караул» или «Кизлярский перевоз», являвшийся своего рода заставой, таможенным постом, охранявшим переправу через Терек и контролировавшим проходивший здесь торговый путь, соединявший страны востока с Русью. Караул был представлен отрядом стрельцов, из расположенного неподалёку Терского городка.

При таких обстоятельствах место, служившее в основном перевалочным пунктом для торговых караванов и иностранных посольств, стало постепенно заселяться людьми разных национальностей.

Согласно «Тарихи Кизляркалы» возле поселения выходцев из Средней Азии: «подселились сначала армяне из Карабага. Позднее пришли и русские». Наиболее близкие к Кизляру населённые пункты были в основном русскими казачьими поселениями.

В 1725 году поселение Кизляр было уничтожено наводнением. Новое поселение было основано на небольшом расстоянии от прежнего.

В 1735 генерал-аншеф В. Я. Левашов основал крепость Кизляр (Кизлярская крепость), которая вместе с располагавшимся рядом поселением получила статус города. Из крепости Святого Креста на Сулаке, срытой по требованию Надир-шаха, сюда были переведены казаки, северокавказцы, издавна находившиеся на службе России (чеченцы-аккинцы, кабардинцы и др.), а также армяне и грузины. Все они стали именоваться Терско-Кизлярским казачьим войском. Русскоязычные казаки проживали в особом квартале — Кизлярской станице, нерусские жили в других кварталах. В общем город состоял из 8 кварталов, отделённых друг от друга земляным валом, помимо Кизлярской станицы, населённой в основном русскими казаками, здесь были: армянская слободка или Арментир, Грузинская слободка или Курце-аул, квартал разноплемённых северокавказцев, принявших христианство — христианская деревня или Кристи-аул, Окочирская слободка или Окочир-аул — квартал, населённый чеченцами, преимущественно аккинцами, служившими царю; Черкесская слободка или Черкес-аул, населённый кабардинцами; Казанте-аул квартал населённый казанскими татарами, и Тезик-аул (Таджикская деревня), который занимал восточную часть Мусульманской слободки города.

В течение XVIII века Кизляр интенсивно заселяется разноплемёнными людьми. Правительство активно привлекает население, стремясь закрепить позиции России в регионе. Здесь селятся христиане: армяне, грузины, крещённые кабардинцы и осетины, а также мусульмане: кумыки, ногайцы, чеченцы.

К 1800 году в Кизляре проживало 1622 армянина и 673 грузина, что составляло 73 % всего города.

К началу XIX века город играет важную роль на юге России, являясь по сути политическим и экономическим центром Северного Кавказа. К тому времени Кизляр становится довольно большим городом. В первой четверти XIX века в нём проживало около 15 тысяч человек (без войск и пришлых). После Киева и Астрахани он считался самым крупным городом на юге России. Так в 1811 году он был в пять раз больше Симферополя, в три раза больше Новочеркасска и Таганрога, чуть больше Одессы, Полтавы и Харькова. На Кавказе крупнее Кизляра был Тифлис, насчитывавший в 1825 году 30 тыс. населения, и приближался к нему по количеству населения Дербент, в котором тогда проживало 11 060 человек.

В XVIII — первой половине XIX века Кизляр становится крупнейшим на Северном Кавказе торговым центром между Россией и народами Северного Кавказа, а также важнейшим перевалочным пунктом в торговле России со странами Востока. По объёму торговли он занимал первое место на Кавказе и во внешней торговле России со странами Востока.

Правительство активно поощряло развитие в крае таких отраслей как виноградарство и виноделие, а также шелководство. Виноградарство и виноделие достигли небывалого развития и

стали главной отраслью экономики края. С 1885 года впервые в России налажено производство коньяка.

Традиционной отраслью хозяйства являлось рыболовство.

В 1805 году открыта первая в России школа виноделия. С 1822 года центр Кизлярского уезда в составе Кавказской области. В 1831 году, во время Кавказской войны, город подвергся набегу войск Кази-Муллы. С 1860 года — центр Кизлярского округа.

9 декабря 1867 года город Кизляр с частью уезда отчислен от Ставропольской губернии к Терской области[4].

Во второй половине XIX века из-за возникновения новых городов и смещения важных торговых путей Кизляр утратил своё значение как важный город на Северном Кавказе. Наблюдается упадок торговли и экономики. Вместе с этим вплоть до 20-х годов XX века демографическая ситуация ухудшается: большой уровень смертности, отсутствие притока населения из других регионов и постоянный отток собственного населения из-за чего население Кизляра к началу XX века по сравнению с серединой XIX века уменьшилось вдвое. В 1922 году город включён в состав Дагестанской АССР.